Republic Commando oyununa başladığımızda bizde bir klon askeri olduğumuzdan aynı süreçten geçiyor ve kendi gözümüzden tüm gelişimimizi ve eğitimimizi kısaca izliyoruz. Önce vücut gelişimimiz tamamlanıyor. Ardından teknik ve taktiksel bilgiler ve son olarak da silah kullanımını öğrendikten sonra bir daha hiç çıkartmayacağımız kaskımızı takıyoruz. Eğimini tamamlamış her klon askeri gibi hiç sorgu sual dinlemeden hemen ilk görevimize çıkıyor ve üslerimizden gelen emirlere uyarak görevleri tamamlamaya çalışıyoruz.